La unidad Pingüino de Humboldt está en territorios geográficos de la Región de Atacama, provincia del Huasco, comuna de Freirina, y de la Región de Coquimbo, provincia del Elqui, comuna de La Higuera. La componen tres islas: Chañaral, la más grande, en la Región de Atacama, e islas Choros y Damas, pertenencientes a la Región de Coquimbo. Sólo en esta última se puede desembarcar. La unidad destaca por la protección de las especies de fauna como el chungungo, lobo de un pelo, el pingüino de Humboldt, delfines nariz de botella y la presencia esporádica de ballenas y cachalotes. En lo que a flora se refiere, existen 59 especies de plantas vasculares entre las que destacan añañucas amarillas, lirios, cactus (Eulichnia acida), entre otros.