Este PM es representativo de sistemas ecológicos de importancia global y regional, existiendo una variada diversidad biológica de vertebrados acuáticos. Es el único sitio de alimentación de la ballena jorobada (Megaptera novaeangliae) que se localiza fuera de las aguas antárticas. Asimismo, tanto su hábitat marino como terrestre destaca por sus interesantes atributos paisajísticos y culturales, que, junto con la existencia de múltiples ecosistemas, una gran variedad biológica, la localización de sitios de reproducción y de alimentación de vertebrados acuáticos, le otorgan un alto valor científico y turístico. En esta misma área, se ubica una colonia reproductiva de pingüinos de Magallanes (Spheniscus magellanicus), siendo el islote Rupert un sector que puede constituirse como una futura Reserva Genética para las poblaciones residentes de esta especie en la zona austral de Chile y, a su vez, ser utilizada como sitio de monitoreo de cambios poblacionales de las mismas. También se ubica en este sector una importante colonia de lobo marino común (Otaria flavescens) residente habitual de la Región, que, por su bajo nivel poblacional y reproductivo, requiere ser objeto de protección.
