El área Mar de Juan Fernández, se extiende por parte de la Zona Económica Exclusiva que rodea el Archipiélago de Juan Fernández. Su objetivo es la protección de ecosistemas únicos con alto grado de endemismo, como sus montes submarinos y ecosistemas pelágicos. Además la conservación de especies, tales como, el Atún aleta azul del sur, clasificada "En peligro crítico" de extinción; el Tiburón mako, clasificado como "Vulnerable"; la Tortuga laúd, clasificada como "Vulnerable", y el Tiburón azulejo, clasificado como "Casi amenazado", entre otros.