El área abarca cuatro tipos de ecosistemas de importancia para la conservación: humedales palustres, hualves o bosques inundados o pantanosos, bosques ribereños y ecosistema fluvial, los cuales se encuentran altamente amenazados y con muy baja representación en el sistema nacional de áreas protegidas, tanto a escala nacional como regional. Además constituye el hábitat de una alta biodiversidad compuesta por aproximadamente 121 especies de fauna y cerca de 145 especies de flora, las cuales se encuentran en diversos estados de conservación según lo indicado en el decreto supremo Nº 29, de 26 de julio de 2011, del Ministerio del Medio Ambiente.