El área Marina Protegida Archipiélago de Humboldt se inserta en el archipiélago de Humboldt, el cual constituye un sitio de importancia para la conservación, ya sea por sus procesos oceanográficos únicos y topografía marina, siendo un sistema altamente productivo y que presta las óptimas condiciones para el establecimiento de una diversidad de especies, contabilizando múltiples macroalgas, invertebrados bentónicos, peces, avifauna, mamíferos marinos, entre otras.