I) Todas las especies nativas que compartan una distribución en la corriente de Humboldt incluyendo sus áreas de residencia temporal, alimentación y sus rutas de tránsito asociadas.
II) Los ecosistemas de islas e islotes.
III) Las surgencias marinas características de la zona, que favorecen la presencia de especies que son base de la trama trófica.
IV) Las actividades sustentables de la pesca artesanal.
Proteger una muestra representativa de los ecosistemas marinos de Chile central, la biodiversidad asociada, los hábitats, los procesos y funciones ecológicas y los servicios ecosistémicos que se desprenden y que se desarrollan en la zona del archipiélago de Humboldt, como una forma de contribuir a la sustentabilidad de la biodiversidad marina nacional y mundial.
El Área se inserta en el archipiélago de Humboldt, el cual constituye un sitio de importancia para la conservación, ya sea por sus procesos oceanográficos únicos y topografía marina, siendo un sistema altamente productivo y que presta las óptimas condiciones para el establecimiento de una diversidad de especies, contabilizando múltiples macroalgas, invertebrados bentónicos, peces, avifauna, mamíferos marinos, entre otras. Este sistema natural único, destaca también como parte de la ruta migratoria de un importante número de aves, zonas de alimentación y descanso de una gran diversidad de mamíferos marinos, como delfines, lobos marinos y ballenas, especies indicadoras de un ecosistema saludable, rico en nutrientes y presas para los grandes predadores tope.
