Su importancia radica en la necesidad de conservar la estructura de las comunidades marinas costeras de las Islas Choros y Damas, su valor ambiental, y las poblaciones de recursos hidrobiológicos de interés para la pesca artesanal, tales como el loco (Concholepas concholepas), las lapas (Fissurella sp.) y el erizo (Loxechinus sp.), con el objeto de potenciar las áreas de manejo y la explotación de los recursos bentónicos locales. Asimismo, resulta necesario conservar y restaurar, cuando proceda, las poblaciones de algas macrófitas (Lessonia trabeculata y Lessonia nigrescens), de gran importancia, dado su rol estructurador de hábitat. De igual manera, se considera la protección de los principales grupos de vertebrados acuáticos superiores residentes en el área, tales como el delfín nariz de botella (Tursiops truncatus), el chungungo (Lontra felina) y el pingüino de Humboldt (Spheniscushumboldti)