El humedal del río Copiapó posee como principal aporte de agua el río Copiapó, el cual cumple un rol fundamental en el tamaño y condición del humedal, aun cuando en los últimos años el caudal se ha visto muy disminuido. A su vez, la zona litoral de playa Las Salinas, donde desemboca el río Copiapó, presenta elementos geomorfológicos y bióticos que incluyen una barrera arenosa que genera un humedal costero asociado.