Existe en la Isla Mocha una de las dos colonias reproductivas de lobos marinos (Otaria flavescens) de la VIII Región, siendo esta la de mayor tamaño (aprox. 1800 individuos), es una zona que alberga 98 especies de aves (muchas de ellas migratorias) (CONAMA, [306]) y algunas áreas de manejo bentónico, entre cuyos recursos el loco (Concholepas concholepas), es el más importante (CONAMA, 2002 [277]). Existe además, presencia de especies amenazadas de extinción como el chungungo (Lontra felina), el Pingüino de Humboldt (Spheniscus humboldti) y la fardela blanca (Puffinus creatopus) (CONAMA, [306]).
La Fardela blanca, ave sólo se reproduce en la Isla Mocha (19 mil parejas aprox.) y en el Archipiélago de Juan Fernández (9 mil parejas aprox.), anida en cuevas ubicadas en los cerros y generalmente bajo o entre las raíces de los árboles, donde con seguridad existe un aporte de nutrientes al bosque ([triptico educación ambiental isla Mocha]). Esta ave endémica del país, se alimenta en el espacio marino adyacente a la Isla, por esta razón, el sitio prioritario se considera complementario a la Reserva Nacional Isla Mocha, la cual sólo incluye los cerros boscosos que se encuentran en la parte central de esta (CONAMA, 2002).