De las 18 especies de pingüinos que existen en el mundo, 10 se encuentran presentes en Chile y 2 de ellas se presentan en este Monumento Natural. Este sector es uno de los pocos lugares del mundo que alberga a estas colonias de nidificación y reproducción de las especies Pingüino de Magallanes y Pingüino de Humboldt. Su geomorfología está compuesta por archipiélagos, canales, islas, fiordos hacia el sur que se formaron durante el retroceso de los hielos de la última glaciación (aprox. 14.000 años pasados). La zona de Puñihuil corresponde al Complejo Volcánico Ancud, que está integrado por un conjunto de lavas macizas y brechosas, flujos piroclásticos, domos, cuellos volcánicos, diques y escasas rocas clásticas con componentes volcánicos.