La unidad Archipielago de Juan Fernandez lo componen las islas Alejandro Selkirk, Robinson Crusoe y Santa Clara. Destaca por la proteccion de las especies de fauna como el lobo fino de Juan Fernandez, que es es el unico mamifero endemico, existiendo en la actualidad alrededor de 80000 ejemplares en todo el archipielago, y el picaflor de Juan Fernandez, unica especie insular endemica de picaflor en el mundo, llamativa por sus hermosos colores tornasolados, tanto en la hembra como en el macho, lamentablemente esta especie se encuentra en peligro de extincion, dado que su poblacion actual es de 1000 individuos aproximadamente. En cuanto a flora hay 137 especies endemicas y 213 especies nativas, por lo tanto un 64,32 porciento de endemismo, uno de los mas elevados del planeta.