La unidad Archipiélago de Juan Fernández, lo componen las islas Alejandro Selkirk, Robinson Crusoe y Santa Clara. Destaca por la protección de especies de fauna como el lobo fino de Juan Fernández, que es el único mamífero endémico, existiendo en la actualidad alrededor de 80.000 ejemplares en todo el archipiélago. También se encuentra presente el picaflor de Juan Fernández, única especie insular endémica de picaflor en el mundo, llamativa por sus hermosos colores tornasolados, tanto en la hembra como en el macho. Lamentablemente, esta especie se encuentra en peligro de extinción, existiendo una población actual de 1.000 individuos aproximadamente. En cuanto a flora hay 137 especies endémicas y 213 especies nativas, polo que implica un 64,32 % de endemismo, uno de los más elevados del planeta.