El Sitio Prioritario Salar de Pedernales se encuentra a 70 km. al este de El Salvador, corresponde a una enorme extensión cubierta con sales, ubicada en una depresión entre montañas a una altura de 3.346 metros. Se caracteriza por estar rodeado de cerros entre los que se cuentan el Volcán Doña Inés y los cerros Gemelos y Blanco, donde se han encontrado restos de fósiles marinos. En los márgenes inferiores del Sitio Prioritario se forman lagunas azulinas, que albergan diversas especies de fauna y flora local, especialmente aves tales como flamencos andinos (los cuales nidifican en estas lagunas) y guallatas o piuquenes (Chloephaga melanoptera), así como una gran concentración de vicuñas (Vicugna vicugna) y guanacos (Lama guanicoe). El Salar de Pedernales presenta un alto endemismo de reptiles e insectos de la estepa desértica y también endemismos de flora; además alberga a un conjunto de especies con problemas de conservación. La cuenca del Salar de Pedernales es la cuenca cerrada más extensa de la III Región y se ubica en el extremo austral altiplánico del país. Esta cuenca se caracteriza por importantes variaciones morfológicas, climáticas y geológicas, donde es posible encontrar una mezcla de terrenos sedimentarios, con formaciones volcánicas y rocas plutónicas. Este Salar es también el más grande de la Región de Atacama y corresponde a una costra de yeso y halita, con lagunas de gran altura (4000 m.s.n.m.), acompañadas de quebradas. En el sector Centro Este, es posible encontrar importantes lagunas y salares, y en el sector Sur Este, abundantes precipitaciones e intrincados valles ([93]; [Análisis_objeto_conservación]).
