Nolana lachimbensis presenta varias amenazas actuales y potenciales, las que no necesariamente son independientes entre sí.
Perturbación y degradación de hábitat: Desde el mayor poblamiento de Antofagasta a inicios del siglo XX, las Quebradas de La Chimba y Guanaco se han visto expuestas a una importante visitación e impactos antrópicos que han producido significativos daños ambientales al sector. La introducción de ganado caprino durante la década del 40 y la extracción de flora con fines ornamentales, provocaron importantes alteraciones de la diversidad y abundancia vegetacional del sector (CONAF 1995). En tiempos más recientes, si bien la creación de la Reserva Nacional La Chimba en 1988 tiene por objetivo proteger esta muestra representativa de la formación vegetacional Desierto Costero de Tocopilla, la ausencia de administración efectiva desde mediados de la década del 90 dio paso al libre acceso a la unidad, lo que ha conllevado malas prácticas ambientales como quemas de basura y neumáticos, fogatas, introducción de motocicletas, alteración de rutas de trekking para descensos en bicicleta, afectación de cursos de agua, paseos con caballos corraleros, generación de microbasurales, entre otros, los que en su conjunto han llevado a un importante deterioro de la Reserva Nacional La Chimba (Dillon et al. 2007, Pinto 2007), localidad tipo de Nolana lachimbensis. En esta área silvestre protegida, se confirmaron además otras ocho especies del género Nolana (BIOTA 2019).
Pérdida de hábitat: Si bien la Reserva Nacional La Chimba está destinada a la protección de la vegetación del lugar, existen sectores colindantes y cercanos que no están protegidos donde suele presentarse vegetación nativa, sobre todo en años de eventos El Niño. Estos lugares cercanos al área protegida se ven hoy en día altamente expuestos a extracción de ripio y contaminación industrial, alterando significativamente la composición del paisaje y reduciendo cada vez más los lugares donde Nolana lachimbensis podría encontrar condiciones para germinar y desarrollarse.
Bajo número de poblaciones: La especie presenta riesgo de extinción debido a conocerse sólo una localidad con presencia de la especie, la Reserva Nacional La Chimba.
Cambio climático: Para la mantención de los ecosistemas costeros de mayor diversidad vegetacional del norte de Chile, conocidos usualmente como ‘Oasis de Niebla' o ‘Lomas', es fundamental la presencia de neblina, las precipitaciones ocasionales y la nubosidad, que en su conjunto generan las condiciones para el desarrollo de la flora nativa (Schulz et al. 2011). Si bien no existen mayores estudios sobre la presencia de neblina, sí se ha podido evidenciar en el Norte de Chile y particularmente en Antofagasta, una importante disminución de la pluviosidad y frecuencia de las precipitaciones desde fines de la década del 40, así como una menor cobertura de nubes desde mediados de la década del 70 (Schulz et al. 2011). Esto último implica más horas de exposición directa de la flora nativa al sol, aumentando las tasas de evaporación y por ende dificultando su supervivencia. Estos cambios han tenido importantes efectos en sectores costeros de la Región de Antofagasta, donde se ha evidenciado por ejemplo en Tocopilla y Cobija una importante disminución de la riqueza de especies florales desde mediados del siglo pasado, entre ellas la desaparición de tres especies del género Nolana que se mencionaban en colectas del Siglo XIX y primera mitad del Siglo XX para dichos sectores (Schulz et al. 2011). Si bien estudios recientes sobre la composición de la flora y su condición actual en la Reserva Nacional La Chimba son escasos, una investigación desarrollada por R. Pinto (2007) dio cuenta de un significativo deterioro de la flora del lugar, incluyendo una mortalidad de hasta un 70% para algunas especies nativas del sector (Eulychnia iquiquensis), y un 40% de mortalidad para la vegetación arbustiva de fondo de quebrada, entre las que se identificó a Nolana lachimbensis.
Competencia con especies adventicias: Durante el catastro y cartografía vegetacional desarrollada recientemente por BIOTA (2019) en el marco del FIC-R UCN Plan de Recuperación Reserva Nacional la Chimba, se pudo constatar la presencia de tres especies adventicias asilvestradas (Erodium cicutarium, Chenopodiastrum murale y Galium aparine) en la Reserva Nacional La Chimba, las que podrían estar compitiendo y ejerciendo presión sobre la vegetación nativa del área silvestre protegida.
