Respecto de la vegetación, la formación que predomina en el área es el bosque nativo adulto denso, cubriendo aproximadamente el 47% de la superficie del santuario, la que corresponde a tres pisos vegetacionales: (i) Bosque siempreverde templado interior de Nothofagus betuloides y Desfontainia spinosa; (ii) Bosque caducifolio templado andino de Nothofagus pumilio y Ribes cucullatum; y (iii) Matorral caducifolio templado andino de Nothofagus antártica, éste último con un 13% de representatividad a nivel nacional. En el área destacan también diversas especies de macrohongos mayoritariamente del reino Fungi, y líquenes. En relación con la fauna, en el área propuesta se han registrado un 40% del total de especies descritas para la Región de Aysén, registrándose 11 especies de anfibios, 77 de aves y 20 de mamíferos.
