Este Santuario forma parte del Plan Nacional de Protección de Humedales 2018-2022, cuyo objetivo central es proteger la biodiversidad y los servicios ecosistémicos en áreas prioritarias de humedales, con el objeto de asociar una categoría de área protegida que garantice su conservación y gestión a largo plazo. Se encuentra inserto en uno de los principales hotspots de biodiversidad reconocidos a nivel mundial, debido a su riqueza florística, altos niveles de endemismo y pérdida significativa de su hábitat original. Presenta ambientes tan diversos como matorral, bosque y humedales (laguna, esteros, vegas y vertientes). Se destaca su hidrología, representada por la laguna El Copín, La Laja y el estero El Zaino, así como los servicios ecosistémicos de provisión de agua, turismo y recreación asociados a dicha hidrología.