La desembocadura del río Loa alberga una biocenosis única, que combina elementos del corredor ecológico que el río crea entre la costa y el desierto interior, junto con características propias de los ambientes marino-costeros del norte de Chile (Guerra, 2004). Uno de los ecosistemas más destacados en esta zona es un humedal formado por el río, que incluye remansos y una laguna a pocos metros de donde el río desemboca en el mar. Este humedal desempeña un papel crucial como hábitat para la avifauna, especialmente para las aves migratorias, conformando una red global de sitios que proveen a las aves en migración áreas para descansar, alimentarse y nidificar (Vilina, 2005). El humedal también es el hábitat de diversas especies de vertebrados, invertebrados y de la vegetación azonal típica, que sigue la quebrada a lo largo del cauce del río.
