El área sustenta especies de avifauna típicas de humedales altoandinos, ofreciendo refugio, alimento y sitios de nidificación. Asimismo, constituye una zona de forrajeo y abrevaderos para especies amenazadas y emblemáticas, como el guanaco, el gato colocolo, el puma y el zorro culpeo. Además, en el área existe más de una decena de glaciares de distintos tipos, los que sostienen una compleja red de aproximadamente 300 km de cauces naturales que proveen agua al Río Elqui, el cual se caracteriza por presentar muy buena calidad, tanto para el consumo humano, la agricultura y la biota acuática.