Entre las principales razones que hacen necesaria la protección de El Morado se encuentra que es un sitio fundamental para la protección de los microhábitat de quebradas y humedales de altura. Las formaciones vegetacionales predominantes corresponden a Estepa Alto Andina de Santiago en la parte más alta, y Bosque Esclerófilo Andino con predominancia de Litre (Lithraea caustica) y Quillay (Quillaja saponaria). En este sitio se encuentra el 20% del Bosque Esclerófilo Andino y el 6% de la Estepa Alto Andina de Santiago, presentes en la Región. Estas formaciones tienen un alto valor por la presencia de especies endémicas y amenazadas y porque constituyen un hábitat importante para la fauna andina. En el sector El Volcán existen formaciones del tipo Estepa Alto-Andina de Santiago, que constituyen ambientes propicios para reptiles, como es el caso del Gruñidor de El Volcán (Pristidactylus volcanensis), endémico de la Región Metropolitana de Santiago que se encuentra en Peligro de Extinción. Se destaca la existencia de un bosquete de Ciprés de la Cordillera (Austrocedrus chilensis) con ejemplares de más de 2000 años, en el sector de San Gabriel. En relación con las comunidades acuáticas, éste es uno de los sitios donde se ha encontrado la mayor riqueza de macroinvertebrados bentónicos del río Maipo. Además, se reconoce por el valor del Monumento Natural El Morado (CONAMA 2005; CONAMA, 2007).
